Sinds oktober 2005 beschikt het Havenbedrijf Moerdijk over een EcoPorts PERS Certificate, de milieucertificering voor zeehavens.
Het EcoPorts- Port Environmental Review System (PERS) is een Europees initiatief voor de milieucertificering van zeehavens die aangesloten zijn bij de European Sea Ports Organisation (ESPO). De methodiek van PERS is één van de instrumenten van de ESPO om aan te tonen dat de haven van Moerdijk voldoet aan diverse voorschriften voor duurzame ontwikkeling en milieubescherming.
Het PERS certificaat is geldig voor een periode van twee jaar. Daarna wordt de haven opnieuw beoordeeld op duurzaamheid en milieubescherming.